Một số nhà quan sát bóng đá đã đặt ra câu hỏi về cách thức lựa chọn cho danh sách này. David Mellor, một cựu chính khách sau trở thành một nhà phê bình về bóng đá, đã viết trên tờ Evening Standard rằng ông cảm thấy sự lựa chọn là có tính chất chính trị nhiều hơn là bóng đá[4]. Mellor cho rằng bảng danh sách đến từ ngòi bút của chủ tịch FIFA Sepp Blatter hơn là từ Pelé. Để chứng minh, Mellor lưu ý mọi người đến sự phân bổ địa lý một cách rộng rãi của các cầu thủ trong danh sách, ví dụ như Abédi Pelé của Ghana, Hong Myung-Bo của Hàn Quốc và El Hadji Diouf của Sénégal: một sự lựa chọn thực tế hơn sẽ phải nghiêng về các cầu thủ của Nam Mỹ và châu Âu. Một nhận xét tương tự cũng được Tim Vickery, một nhà bình luận của BBC, đưa ra[5].

Gérson, một người đồng đội cũ của Pelé và cựu cầu thủ của đội tuyển Brasil đã có phản ứng về việc tên của ông không có trong danh sách FIFA 100 bằng cách xé danh sách này trên một chương trình TV Brasil[6]. Marco van Basten và Uwe Seeler đã từ chối tham gia dự án vì không cùng quan điểm[6].